Kobato Hanato es una misteriosa chica que tiene una importante misión: sanar los corazones heridos de las personas y guardar estas heridas en una botella que siempre lleva con ella; si es capaz de llenar completamente la botella obtendrá el derecho de pedir un deseo que le será cumplido por quien le encargó esta tarea. Para eso tiene cuatro estaciones. Durante ese tiempo debe buscar personas afligidas e intentar sanar sus corazones. Con cada persona que sane, en la botella aparecerá un dulce (fragmento del corazón).
Con el paso del tiempo sucederán incidentes que afectarán la misión de Kobato y la realización de su sueño. Pero esto es una misión algo más complicada de lo que aparenta ya que Kobato, aunque es una chica dulce y generosa, es también ignorante de muchos aspectos normales de la vida y las personas, incapaz de ver el mal o de demostrar sentido común en las labores mas rutinarias y sencillas, acabando muchas veces metida en problemas o causando problemas cuando intenta colaborar con otros.
